Войска пограничной охраны, являясь составной частью гражданской обороны, подчиняются министерству внутренних дел. Во главе их стоит инспектор, штаб размещается в Бонне.
Войска пограничной охраны в организационном отношении сведены в четыре командования пограничной охраны: «Север» (штаб в Ганновере), «Центр» (в Касселе), «Юг» (в Мюнхене) и «Побережье» (в Бад-Брамштедте). Численность каждого командования примерно 5000 человек.
Командования войск пограничной охраны «Север», «Центр» и «Юг» в своём составе имеют по две группы пограничной охраны, по два батальона (учебный и технического обслуживания) и по одной эскадрилье вертолётов. Так, в состав командования «Север» входят 5-я и 6-я пограничные группы, «Центр» — 3-я и 4-я пограничные группы и «Юг» — 1-я и 2-я пограничные группы.
Каждая пограничная группа в свою очередь состоит из штаба, штабной роты, двух-трёх батальонов пограничной охраны, сапёрного батальона и роты снабжения. Батальон пограничной охраны включает четыре роты («сотни»): штабную и три моторизованные роты пограничной охраны. Численность личного состава батальона свыше 600 человек. Планами перевооружения предусматривается оснастить батальоны пограничной охраны английскими бронетранспортёрами «Сарацин».
С целью усиления пограничной охраны побережья и территориальных вод, главным образом в Балтийском море, в 1963 году было принято решение освободить суда таможенной службы и полицию земли Шлезвиг-Гольштейн от контроля по охране морских границ и создать специальные усиленные подразделения сторожевых катеров в составе пограничных войск. В связи с этим было сформировано командование пограничной охраны «Побережье», в которое вошли два дивизиона сторожевых катеров.
С 1968 года в войсках пограничной охраны начали создаваться подразделения вертолётов UH-1D фирмы «Белл». В составе каждого командования уже сформировано по одной эскадрилье этих вертолётов.
До 1969 года войска пограничной охраны комплектовались за счёт добровольцев-наёмников. В январе 1969 года бундестаг утвердил изменение в законе о воинской повинности, согласно которому лица призывного возраста и бывшие полицейские могут призываться в войска пограничной охраны для несения службы, Этим изменением командование поставило своей целью усилить войска пограничной охраны — довести численность личного состава мирного времени к концу 1972 года до 22 600 человек и создать резерв подготовленного личного состава около 30 000 человек.
С целью проверки и повышения боевой готовности войск пограничной охраны командование систематически проводит учения в пограничной зоне. К наиболее крупным учениям, состоявшимся за последние три года, относятся учения командования «Центр» (1970 год, участвовало 2000 человек) и командования «Север». Учение войск командования «Север» проведено в сентябре 1971 года под условным наименованием «Хекенрозе» в районе Ильцен, Гифхорн, Дудерштадт. В нем приняло участие до 4000 человек, использовалось 800 бронетранспортёров и автомобилей. В ходе указанных учений на войска пограничной охраны возлагались также задачи по обеспечению развёртывания боевых действий полевых и территориальных войск бундесвера.